Si estás utilizando woocommerce, a día de hoy si haces una actualización por lo lote de varios productos para cambiarlos de categoría. Lo que pasa es que añade a mayores la categorías que selecciones a la que ya tiene los productos seleccionados. No he encontrado ningún plugin sencillo y gratis que lo haga, pero con una sencilla consulta SQL en la base de datos podemos hacerlo de un plumazo.
update wp_term_relationships
set term_taxonomy_id = nuevo_id_categoria
where term_taxonomy_id =nuevo_id_categoria
El los ids de categoría lo podéis encontrar en wp_terms. Ojo si os equivocais y los pasáis a una categoría que no es y hay mas productos en dicha categoría, lo vais a tener que arreglar producto a producto, así que revisar bien los ids antes de lanzar la SQL .