Por un lado los productos están en la tabla wp_posts y las categorías en wp_terms y la relación entre ambas en wp_term_relationships, así que podemos lanzar esta consulta.
select wp_posts.id, wp_posts.post_title, wp_posts.guid
from wp_term_relationships
inner join wp_posts on (wp_posts.id = wp_term_relationships.object_id)
where wp_posts.post_type = ‘product’ and term_taxonomy_id <> 2 and term_taxonomy_id <> 76
group by object_id
having count(object_id) > 1
En mi caso no hago caso a la relación con la categoría 2 y 76 porque son categoría internas del sistema. Tendrás que lanzar la consulta y analizar alguno de los duplicados que os salen a ver con que categorías se relacionan y no hacer caso de las que no hayas creado tu.